如果是独立核算的，是要先提交国税局审查增值税及所得税，缴销发票，然后国税局出具报告后，再提交给地税局审查营业税、附加税、个税，缴销发票，地税局出具报告，以上该补交税金的补交，再完成后，注销开户行，持这三项注销存根联去工商，来做工商注销，上缴公章。

之后就是公安上缴法人章与财务章，然后再通过质量监督局注销代码证。

1、对于分公司等其他分支机构，只要是符合独立核算的条件，就要单独申报缴纳企业所得税，适用经营所在地的企业所得税税率。

2、 而且在计税的时候，分公司和总公司都要分别适用所在经营地的适用税率。

3、如果分公司来作为独立纳税人，在经营期间形成的年度亏损在确定总公司的年度应税所得的时候是不可以抵减的，其注销前形成的累计经营亏损在总公司账面体现为无法收回的其他应收款与应收账款的。

4、总机构与分支机构不在同一征收区域的商业企业，不管是其何时开业，都是根据属地原则来征税的。